但是，由于GATT本身的“先天不足”等原因，GATT的争端解决机制还是存在着以下不足。
第一，GATT争端解决机制局限于其自身的“先天不足”。GATT仅是一个临时适用的多边关贸协定，并不是一个主体资格健全的国际组织，削弱了GATT条款的权威性，这就使得GATT争端解决机构缺乏应有的法律地位和组织保障。
第二，GATT争端解决机制的程序性规定不健全，解决争端的时限不确定。GATT成立之初，仅有第22、23条两个条款对争端解决进行规定，缺乏必要的程序性规定。此后，GATT在实践中虽然对争端解决制度和程序性问题进行了不断完善，但对争端解决的时限的规定却不尽明确。比如，缔约方全体在投诉方要求设立专家组后什么时候应作出决定，缔约方全体审议专家组报告的时间是多长，应当在多长时间内采取行动才属合理等问题，均未进行明确的时间限定。程序不健全、时限不确定使得GATT解决争端的效率大大降低，GATT处理的案件时间拖得最长的一个，是从申诉方提起申诉到专家组报告通过用了8年半。[6]