1923年1月4日，孙中山发布《讨伐陈炯明通电》，要求“诸军将士奋勇杀贼，为民除害，凡我粤人，务宜同仇敌忾，以成拨乱反正之功”。此后，西路讨贼军顺西江而下，陈炯明急派叶举担任西江前敌总指挥，但军心已乱，无力抵御。1月9日，西路讨贼军占肇庆。次日占三水，广州城内驻军一部于12日晚反正。1月15日，被陈炯明视为心腹亲信的洪兆麟也在汕头宣告脱离陈炯明，迫使陈炯明不得不在当日通电“宣告解职，完全下野”，并离广州赴惠州，转道于30日到香港。但原本被孙中山倚为回粤依靠的东路讨贼军许崇智部虽然在1月9日通电宣布即日返师回粤讨贼，2月初离闽回粤，却被洪兆麟部所阻，滞留于粤东潮汕一带，未能发挥应有的作用。
在加强粤皖奉（孙中山、段祺瑞、张作霖）反直“三角同盟”方面，孙中山在这一时期也花费了不少精力。三角同盟最早酝酿于直皖战争前后，是段祺瑞为广结联盟、对付直系而采取的主动行动，而孙中山也不反对与各派力量建立关系以为己用。直皖战后，皖系失去了基本力量，但又不甘就此退出历史舞台，遂主动向孙中山示好，双方开始建立伙伴关系，而孙、段关系的建立亦使孙中山调整了对与皖系亲近的奉系之策略，开始与张作霖建立关系，三角同盟的雏形初现。