宋代理学对史学的影响，首先体现在历史的认识上。理学家认为，自然界和社会的运动是天理流行，是阴阳消长的气化的运行。二程认为：“往来屈伸只是理。”“有盛则必有衰，有终则必有始，有昼则必有夜。”“时所以有古今风气人物之异，何也？气有淳漓，自然之理。有盛则必有衰，有终则必有始。……气亦盛衰故也。”[24]朱熹进一步发展了二程的观点。理学家讨论天人问题，以“理”对宇宙自然和历史社会作深层次的概括，把人类社会作为宇宙总过程的一个组成部分。“求理”思维的特征之一，是通天通地，贯古贯今。周敦颐的《太极图》从根本上说，是“究天人合一之原”。张载以气说明人与自然相统一，世界万事万物和人都是气的体现。气有清浊昏明，人与物才有分别。《西铭》说：“民吾同胞，物吾与也。”这种气化史观是打通天人的理论。邵雍写的《皇极经世书》把自然发展和人类的历史行程作为一个统一的过程，编排出从“开物”到“闭物”的运动的周期。
这些是中唐以后的史学思想的发展。史学的通识明显地表现这一点。
理学家用“理气”说，贯通天人古今，以天理流行的情况作为划分历史的依据。在理学家、史学家中，较为普遍的看法是，中国历史可以划分成两个阶段，分成先王、后王，或者说分成三代以前和三代以后两个明显不同的阶段。用二程的话说是，先王之世，是以道治天下，后世以法把持天下。邵雍以皇、帝、王、霸四段概括中国历史的变化。朱熹提出的历史过程论，完全渗透理学思想，把中国历史打成两截：三代和三代以后。他说这两个阶段不同：三代天理流行，汉唐人欲横流。史学家同样表现出对三代的推崇，司马光是这样，马端临同样有这样的倾向。他一方面指出，制度要因时变化，“返古实难”；另一方面，他认为三代以前是公天下，夏以后是家天下，秦始皇灭六国后，“尺土一民，皆视为己有”。