1975年9月，军人公然逮捕蒙得维的亚大学校长及多位系主任。1976年，军事系统又逮捕了乌拉圭共产党主席、乌拉圭颇负盛名的数学家何塞·路易斯·马塞拉和广泛阵线主席、退役将军利伯尔·塞列尼。而城市游击队图帕马罗斯运动尽管在国内活动不断受到镇压，但并没有停止活动，甚至于1974年派人到法国首都巴黎，把乌拉圭驻法国兼驻英国的武官拉蒙·特拉瓦尔上校击毙。
乌拉圭政府军中各高级将领对博达维里总统的铁腕统治仍不感到满足，于1976年6月迫使其辞去总统职务。7月，国务委员会和“将军委员会”共同推举阿帕里西奥·门德斯·曼弗莱迪尼为新的总统。门德斯继承博达维里的衣钵，上台后继续实行专制统治。但迫于国际国内形势的压力，门德斯政府于1980年开始部分政治上的松动。门德斯任满后，1981年9月由国务委员会任命的格雷戈里奥·孔拉多·阿尔瓦雷斯·阿梅利诺上将为总统，组织过渡政府，为在乌拉圭恢复立宪政体准备条件，并于1985年3月1日正式将总统绶带交给民选总统胡利奥·玛丽亚·桑吉内蒂，从而结束了为期12年的军人独裁统治。