韦昌辉进城后就接到大驸马钟万信送来的天王诛杨密诏。很短时间里，韦部将士就控制了通往东王府的大街小巷，把东王府围困得水泄不通；随后，杀进东王府，将杨秀清家属和府中官员、卫士全部杀死，无一漏网，其中包括杨秀清的几十个妻子。
东王杨秀清是怎样被杀的，当时的人记述，就有几种版本：
一说是韦昌辉由江西回来，“亦不准入，颇怀愤怨，得洪贼函，即晚率三千余人遽入南门，趋围东贼宅。自携数贼入杀东贼及其妻小”。
二说是韦昌辉率众见杨秀清，杨秀清告以洪同意他称万岁，韦以手加额，前席跪贺，杨大喜，赐宴。北贼从者环侍左右。东贼问曰：若辈何人也？北贼以麾下立功之众对。东贼遍赐以酒。群前叩谢。北贼以目示意，咸拔刀砍东贼，诛其首。
三说是韦昌辉回到天京，以兵围东王府，时东贼方屏人独自登台，仅守以一童子，盖视台度下偃，即东贼所谓天父下凡时也。唯东贼得以升台与语，乃即就台中斩其首。