袁世凯死后，黎元洪继任大总统，直系冯国璋任副总统，皖系段祺瑞任国务总理，掌握实权。为了对付非北洋系的黎元洪，直、皖系曾暂时合作，但由于投靠的帝国主义不同，互相间的利害冲突和矛盾还是很大的。1917年，冯、段终于借“张勋复辟”事件，挤走了黎元洪。接着，冯国璋当了大总统，段祺瑞仍做国务总理，他们变本加厉地出卖民族利益，继续北洋军阀的专制统治。不久，冯、段之间为了扩充势力、抢占地盘，矛盾逐渐尖锐起来。1920年7月，直系联合奉系打皖系，皖系战败，中央政权开始由直、奉两系联合控制。
直、奉军阀也只是暂时的联合，因为它们投靠的帝国主义不同，帝国主义之间的矛盾必然影响它们之间的利害关系。1922年4月终于又爆发了直奉战争，结果奉系战败，退出关外，中央政权由直系全部控制。奉系军阀不甘失败，1924年9月又挑起了第二次直奉战争，这次奉系取得了胜利，皖系段祺瑞也乘机攫取了北京“临时执政”的地位，在奉系卵翼下重新把持中央政权。
“北洋军阀”的黑暗统治和它们之间的混战，给全国人民带来了深重的苦难。富有优良革命传统的中国人民，曾经进行了多次的反军阀斗争。