在北约打击下，南损失惨重。由于北约无论在人力、财力、军力上都对南联盟享有不成比例的绝对优势，南孤立无援，继续抵抗只能招致北约更残酷的攻击，因而不得不向北约屈服。
6月9日，北约与南联盟代表签署《军事-技术协定》，规定塞族军队从科索沃全部撤出，国际维和部队进入科索沃并尽快安置难民重返家园。6月10日，北约宣布停止对南空袭击行动。历时78天的科索沃战争以南联盟失败告终。
科索沃战争反映了第五代战争一些不同以往的特点。第一，它是人类历史上第一场超视距、“非接触”战争。北约战机通常在离目标200公里以外的5000米甚至10000米高空发动攻击，发射后立即返航，因此，北约人员损失很小，接近于“零伤亡”。第二，战争破坏力极大。在战争中，南联盟有7600个固定目标和3400个移动目标受到北约攻击。南军共损失100余架战机、93辆坦克、153辆装甲车、389门大炮和迫击炮。南民用目标有9个机场、50余座桥梁、75%的地对空固定发射点、大部分供电、供水设施和通讯网路、大部分公路、铁路以及一些骨干工厂被毁。南伤亡人数达6000人，有百万人沦为难民，财产总损失达2000亿美元，国民生产总值下降一半。第三，战争中使用了大量高科技军事装备，如能作环球不着陆飞行的远程隐形飞机、全球定位系统、石墨炸弹、各种精确制导炸弹等。第四，第一次在不实施地面入侵的条件下，单凭优势空军征服一个国家，把空中力量的优势发挥到极致。这预示着在第五代战争甚至21世纪的战争中，空军以及从空中发射的精确制导武器将是战争骄子，将主宰未来的战争，决定未来战争的样式、特点。